题主的这个假设的可能性几乎为零。为什么呢？主要有这些原因：
1、大猩猩在动物园里的防护措施是很严密的，一个小孩掉进去的可能性极地（虽然在国外有小孩掉进猩猩展区的个例）。
2、如果这两只猩猩真的是地球上最后两只，那么一定会受到严密保护，不可能饲养在一般动物园供游客参观，所以就更不可能存在小孩掉进猩猩展区的可能性。
3、如果这两只猩猩具有繁殖能力，那么这两只猩猩不可能是地球上的最后两只。
如果真的这种极低的可能性出现了会不会为了保护小孩而击毙猩猩呢？
1、地球上仅存的两只猩猩肯定受到人类无微不至的照顾，所以对人类应该很熟悉，未必会攻击小孩。
2、雄性大猩猩是在自己的领地遇到侵略或者自身受到伤害时才会攻击人类，母猩猩是在自己的幼崽遇到危险或自身有危险时才会攻击人类。猩猩首先是通过吼叫，肢体语言等警告侵略者，未必会直接攻击小孩。
3、既然是仅存的两只猩猩，那么饲养人员或者动物学家肯定会准备既可以控制猩猩行动，又可以保证猩猩生命的设备，比如麻醉枪或者电击枪。
4、如果一个小孩突然出现在美国总统身边，又不能确定小孩是否会威胁到美国总统的生命安全，比如不知小孩身上是否绑有炸药等等，那么总统保镖会不会第一时间将小孩击毙，答案或许是会的，那么美国总统不是世界上仅存的，而这两只猩猩却是，那么我认为肯定是不会为了小孩而击毙猩猩的。
最后附上一个掉进猩猩饲养区的小孩的动图，我们发现猩猩根本没有主动攻击小孩，但为了以防万一，这只猩猩最终还是被击毙了。真的是有点冤枉。
答案很简单，人的生命权高于一切。前几天有个美国人在公园里跑步被一只山狮袭击，此人虽然身受重伤，但也顽强绞杀了山狮，保护了自身的生命安全，事后当地警察说此人为了保护自己的生命安全杀死山狮是无罪的。当动物直接威胁到人类生命安全时，这个时候任何动物保护法律、动物权益都要给人类生命权让路，这一点在全世界都一样。在题主假设的前提下，有朋友说使用麻醉枪，麻醉不是立刻生效的，为了孩子的生命安全，只能立刻击毙动物。发生这样的事情是极其遗憾的，事后也要对造成这个结果的人进行追责，但在当时，孩子的生命安全是第一位的。站在动物的角度来说当然是不公平的，所以人类要学会和动物和谐相处，尽可能避免出现和动物产生直接冲突的局面。附一张在斯里兰卡国家公园用手机拍摄的花豹，据Safari司机说是一只3岁左右的公豹。在那里，人类坐在有安全护栏的游览车里，相当于一个移动的牢笼，而花豹是自由自在的，游客不能下车，不能投喂动物，双方相安无事。
