北部锦箱龟智商
在生物个体质量相同的情况下，爬行动物的脑容量明显不如哺乳动物和鸟类，甚至小个体爬行动物还比不过两栖类动物。但至少有一点已然足够明确：爬行动物的智商与哺乳动物和鸟类完全无法比拟。
神经学专家保罗.麦克里恩曾提出人类大脑三位一体理论，即爬行动物脑、古哺乳动物脑、理性脑三位一体，共同构成了完整的人类大脑。其中，爬行动物脑又称原始脑，是最先出现的脑成分。保罗称之为“R-复合区”，它由脑干—延髓、脑桥、小脑、中脑，和最古老的基底核—苍白球与嗅球组成。
对于爬行动物来说，脑干和小脑对物种行为起着控制作用，主要控制着身体的肌肉、平衡与自动机能，诸如呼吸与心跳。大脑的这个部分一直保持活跃状态，即使在深度睡眠中也不会停止工作。在爬行动物脑操控下，人与这些爬行动物会有相似的行为：比如发呆、偏激、冲动、惰性等。原始脑负责的是人类最基础最本原的行为，如同“在记忆里烙下了祖先们在蛮荒时代的生存印记”。
爬行动物的小脑比两栖动物大，但是却不比鱼类发达，因此爬行动物有着行动缓慢的生活习性。水生爬行动物的小脑普遍发育良好，它们的后缘一般都覆盖着延脑菱形窝的前半部，鳄类的小脑两侧甚至还开始分化出一对小形的小脑耳，是鸟、兽中蚓体和小脑鬈的前身，其机能与平衡相关。
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