转录组测序学习课程

转录组(transcriptome)广义上指某一生理条件下,细胞内所有转录产物的集合,包括信使RNA、核糖体RNA、转运RNA及非编码RNA;狭义上指所有mRNA的集合。蛋白质是行使细胞功能的主要承担者,蛋白质组是细胞功能和状态的最直接描述,转录组成为研究基因表达的主要手段,转录组是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带,转录水平的调控是目前研究最多的,也是生物体最重要的调控方式。

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资源目录预览

数据库准备和质控 / chip-seq1(简介、质控和比对) / chip-seq2(查看peak、motif、peak注释) / GO功能分析 / GWAS(全基因组关联分析) / kegg富集

lncRNA1 靶基因 / lncRNA2 功能和调控网络 / lncRNA3 cis和trans调控 / PCA主成分分析 / TCGA数据下载 / 表达谱芯片数据分析 / 表达谱芯片数据分析

共表达网络和蛋白互作网络 / 环状RNA测序 环状RNA简介 / 环状RNA测序 比对与环状RNA鉴定 / 甲基化芯片数据分析 / 生存分析 / 数据库准备和质控

外显子测序分析简介 / 小rna测序 质控和reads长度统计 / 小rna测序 比对genome miRNA Rfam / 小rna测序 差异表达和靶基因 / 小rna测序 新miRNA

转录组 分析简介 / 转录组 比对和表达量计算 / 转录组 差异表达 / 转录组 新转录本和新lncRNA / 转录组比对和表达量计算 / 转录组差异表达 / 转录组分析简介 / 转录组新转录本和新lncRNA

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