转录组报告解读

从本周开始，我们公众号开始转载生信媛徐洲更的一组推文，推出一组转录组生信分析入门教程。基本是从零开始，希望对刚入门生信或者想入门生信分析的同学有所帮助。

首先，你需要准备好两件事情：1.Linux环境，实验室有服务器或者自己有个配置比较好的电脑；2.能根据网上教程，自学些生信基础知识（文件管理，软件安装，R语言基本命令，后面要画图）。比如有个PCR仪和自学PCR引物设计原理。不要害怕，不会让你从头造一个PCR仪，也不会让你自己合成引物。熟悉一个新的操作系统和软件使用，并不是一个可怕的事情，但是学习也从来不是一个轻松的过程。好了，我们开始吧。

我们第一周目标有三个:

• 熟悉Linux环境

• 登录服务器

• Linux基本命令

• PATH的意义

• 学习conda管理环境

• 如何在conda中添加channel

• 如何用conda安装和卸载软件

• 如何创建新的环境和切换环境

• 数据准备

• 参考序列

• 注释信息

• 测序数据

首先，对于Linux环境，能有服务器最好。实在不行Windows10用户可以安装WSL，MacOS请在应用程序中搜索终端，参照下面链接进行配置：

• Windows10配置

  WSL: https://linux.cn/article-9545-1.html

• MacOS的环境配置:

  https://blog.csdn.net/orangleliu/article/details/47357339

然后，你需要学一些基础的Linux的命令操作，如下是鸟哥的Linux私房菜的对应链接

• 目录管理:

  http://linux.vbird.org/linux_basic/0210filepermission.php

• vim使用说明:

  http://linux.vbird.org/linux_basic/0310vi.php

• shell基础:

  http://linux.vbird.org/linux_basic/0320bash.php 中的10.1，10.2，10.3和10.4

再接着你需要用conda安装如下软件

• sra-tools: 数据下载

• fastqc: 查看数据质量

• cutadapt trimmomatic: 数据质控

• star hisat2: 数据比对

• samtools: SAM/BAM文件处理

• subread htseq: 基因计数

conda的教程推荐看https://www.jianshu.com/p/edaa744ea47d

学有余力: 整理网络上关于这些软件的资源

接着你得下载如下数据：

• 参考基因组序列: 在 http://www.ensembl.org/ 上下载 GRCh38的参考基因组序列

• 注释文件：在 http://www.ensembl.org/ 上下载 GRCh38 对应的注释GFF文件

• SRR数据：编号为 SRR4820707 SRR4820708 SRR4820709 SRR4820710 SRR4820727 SRR4820728 SRR4820729 SRR4820730 (我上传了微云，链接：https://share.weiyun.com/5lFLZzL）

以上就是第一周的内容了，按照链接自学为主，做好准备工作。

这里是用的人类的基因组数据，而不是小麦的，根据我的经验，任何基因组的分析，不要上来就用小麦基因组，手中常备拟南芥、水稻、人类基因组。先用小的基因组，确保能跑通流程了再来小麦基因组。要不然，三周或者一个月后，你才发现某个参数可能需要调整，多来几遍，可能都快要毕业了，软件还没跑完。

附原文链接：https://mp.weixin.qq.com/s/P5Rw_WQw1Wz7Tb2pXgcnHQ

SRA数据的下载以及在线blast--或许与你了解的不一样

SRA快速转fastq---即多核版fastq-dump——另外找一枚小麦育种方面的童鞋

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